손소독제의 주성분은 알코올의 한 종류인 '에탄올'이다. 에탄올은 세균의 단백질 성분을 녹여 항균작용을 한다. 그러나 에탄올은 인화점이 낮아 쉽게 불이 붙을 수 있다는 위험이 있다. 서울시 소방재난본부에 따르면 손소독제 제품의 인화점은 20~31℃로 매우 낮다. 인화점이 낮으면 정전기 같은 작은 점화원에도 화재가 발생할 수 있다. 여름철 직사광선을 직접 받는 밀폐공간에 방치하면 위험성은 더욱 커진다.
손소독제를 손 소독 이외의 용도로 사용해 발생하는 사고도 잇따른다. 특히 아이들이 세균 제거에 도움이 되리라 생각해 무턱대고 얼굴에 바르는 경우가 많다. 에탄올은 단백질을 녹이는 기전으로 작용하기 때문에 단백질로 구성된 피부에는 자극이 될 수밖에 없다. 아름다운나라피부과 서동혜 원장은 "알코올로 구성된 손소독제를 피부에 바르면 접촉성 피부염이 생길 수도 있다"고 말했다.
따라서 손소독제는 직사광선이 내리쬐는 밀폐된 공간에 두지 않는다. 여름철 차 안이 위험하다. 가정에서는 불이 붙을 위험이 있는 장소에 보관하지 않는다. 웬만하면 얼굴에는 사용하지 말고, 눈·코·입 등 점막에 들어가지 않도록 주의한다. 눈에 들어갔다면 즉시 물로 씻어낸다.